为了防止文件共享可能会导致文件被破坏或未经核准的用户修改文件，文件系统必须控制用户对文件的存取，即解决对文件的读、写、执行的许可问题。为此，必须在文件系统中建立相应的文件保护机制。
文件保护通过口令保护、加密保护和访问控制等方式实现。其中，口令保护和加密保护是为了防止用户文件被他人存取或窃取，而访问控制则用于控制用户对文件的访问方式。
对文件的保护可以从限制对文件的访问类型中出发。可加以控制的访问类型主要有以下几种：
读：从文件中读。
写：向文件中写。
执行：将文件装入内存并执行。
添加：将新信息添加到文件结尾部分。
删除：删除文件，释放空间。
列表清单：列出文件名和文件属性。
此外还可以对文件的重命名、复制、编辑等加以控制。这些高层的功能可以通过系统程序调用低层系统调用来实现。保护可以只在低层提供。例如，复制文件可利用一系列的读请求来完成。这样，具有读访问用户同时也具有复制和打印的权限了。
解决访问控制最常用的方法是根据用户身份进行控制。而实现基于身份访问的最为普通的方法是为每个文件和目录增加一个访问控制列表(Access-Control List, ACL)，以规定每个用户名及其所允许的访问类型。
这种方法的优点是可以使用复杂的访同方法。其缺点是长度无法预期并且可能导致复杂的空间管理，使用精简的访问列表可以解决这个问题。精简的访问列表釆用拥有者、组和其他三种用户类型。
拥有者：创建文件的用户。
组：一组需要共享文件且具有类似访问的用户。
其他：系统内的所有其他用户。
这样只需用三个域列出访问表中这三类用户的访问权限即可。文件拥有者在创建文件时，说明创建者用户名及所在的组名，系统在创建文件时也将文件主的名字、所属组名列在该文件的FCB中。用户访问该文件时，按照拥有者所拥有的权限访问文件，如果用户和拥有者在同一个用户组则按照同组权限访问，否则只能按其他用户权限访问。UNIX 操作系统即釆用此种方法。
口令和密码是另外两种访问控制方法。
口令指用户在建立一个文件时提供一个口令，系统为其建立 FCB 时附上相应口令，同时告诉允许共享该文件的其他用户。用户请求访问时必须提供相应口令。这种方法时间和空间的开销不多，缺点是口令直接存在系统内部，不够安全。
密码指用户对文件进行加密，文件被访问时需要使用密钥。这种方法保密性强，节省了存储空间，不过编码和译码要花费一定时间。
口令和密码都是防止用户文件被他人存取或窃取，并没有控制用户对文件的访问类型。注意两个问题：
现代操作系统常用的文件保护方法，是将访问控制列表与用户、组和其他成员访问控制方案一起组合使用。
对于多级目录结构而言，不仅需要保护单个文件，而且还需要保护子目录内的文件, 即需要提供目录保护机制。目录操作与文件操作并不相同，因此需要不同的保护机制。
